Được bao bọc giữa vùng đồi núi của hai huyện Như Xuân và Như Thanh, Bến En có tổng diện tích tự nhiên hơn 16.600 ha và 30.000 ha rừng vùng đệm. Mặc dù chịu ảnh hưởng của khí hậu nhiệt đới gió mùa, nhưng nhiệt độ trung bình ở đây chỉ ở mức 23 độ C. Vườn có hệ thực vật gồm 462 loài, 125 bộ. Bên cạnh các loài quý hiếm như lim xanh, chò chỉ, sau sau, trai lý, vù hương... còn có các loại cây đặc sản có giá trị cao làm nguyên liệu cho sản xuất đồ mỹ nghệ, lấy dầu và trên 300 loài cây dược liệu. Hệ động vật ở đây cũng rất phong phú. Đặc biệt nơi đây còn có nhiều loài động vật quý hiếm như voi, sóc đá, gấu ngựa, hổ, báo, vượn...

Trong lòng vườn còn có hồ sông Mực rộng trên dưới 3.000 ha, là thủy vực của 4 con suối lớn. Trên hồ có 21 hòn đảo lớn nhỏ và nhiều bán đảo với rừng xen lẫn các mỏm đá tạo thành nhiều hình thù kỳ vĩ. Bên cạnh đó là dãy núi đá Hải Vân ẩn chứa nhiều hang động đẹp nổi tiếng như cụm hang Ngọc dài hơn 80m, rộng hơn 20m, trong hang có nhiều thạch nhũ mang hình thù khác nhau.

Bến En không chỉ có cảnh đẹp mà xen giữa vùng thiên nhiên kỳ thú này là hàng chục bản, làng của trên 14.000 đồng bào thuộc các dân tộc Mường, Kinh, Thái, Tày sinh sống. Đến đây du khách sẽ được hòa mình vào các hoạt động văn hóa đặc sắc của đồng bào các dân tộc.