Tuy nhiên, sự phát triển du lịch của khu vực này chưa xứng tầm với tiềm năng và vị thế mà nguyên nhân chính là thiếu sự liên doanh, liên kết giữa các tỉnh trong khu vực, giữa khu vực với các địa phương gần kề.

Đồng bằng sông Cửu Long có hệ sinh thái phong phú với tài nguyên du lịch tự nhiên được phân bổ tương đối đồng đều. Thế nhưng, do tính chất địa hình và khí hậu nên tài nguyên du lịch tự nhiên của các tỉnh mang nhiều nét giống nhau.

Trong khi đó, các tỉnh lại thiếu đầu tư vào lĩnh vực này mà chỉ khai thác du lịch theo kiểu “cây nhà lá vườn,” làm cho sản phẩm du lịch ngày càng nghèo nàn. Do vậy, chỉ cần đến một tỉnh, du khách đã có thể khám phá toàn bộ những nét cơ bản của du lịch Đồng bằng sông Cửu Long.
Trên thực tế, mỗi địa phương ở khu vực này có những thế mạnh đặc thù. Chẳng hạn, nhắc đến Kiên Giang, ai cũng nghĩ ngay đến du lịch nghỉ dưỡng-biển đảo cao cấp. Sản phẩm du lịch này dần dần trở thành thương hiệu riêng của tỉnh.

Cần Thơ cũng nổi tiếng với chợ nổi Cái Răng, chợ nổi Phong Điền. Nếu thành phố Cần Thơ đầu tư, nâng cấp cảnh quan, môi trường nơi đây sạch, đẹp, đảm bảo an toàn giao thông thủy; tăng số lượng thuyền bè thì tiềm năng du lịch này chắc chắn sẽ phát triển thành sản phẩm du lịch độc đáo của địa phương.

Do vậy, nếu biết phát huy sức mạnh liên kết, hợp tác, chắc chắn du lịch Đồng bằng sông Cửu Long sẽ có những bước phát triển nhảy vọt.