Ngoài ra, ông Quân còn ký quyết định sáp nhập Ban Thi đua - Khen thưởng, Ban Tôn giáo và Dân tộc vào Sở Nội vụ và bổ sung chức năng giúp UBND TP tổ chức, quản lý về văn thư lưu trữ Nhà nước cho Sở Nội vụ. Giải thể Ủy ban Dân số, Gia đình và Trẻ em TP, chuyển các chức năng, nhiệm vụ của ủy ban này sang các sở - ngành có liên quan.

Trước đó, UBND TP đã ra quyết định sáp nhập Sở Công nghiệp và Sở Thương mại thành Sở Công thương.

Như vậy UBND TP.Hồ Chí Minh đã bỏ quyết định trước đó chỉ sáp nhập hai sở Văn hóa và Thông tin, Thể dục Thể thao thành Sở Văn hóa và Thể thao, bỏ quyết định chỉ sáp nhập Ban Thi đua - Khen thưởng vào Sở Nội vụ.

Trong tờ trình ngày 15/5/2008, TP.Hồ Chí Minh kiến nghị Chính phủ không tổ chức bộ máy như Nghị định 13/2008/NĐ-CP: không sáp nhập Sở Thương mại và Sở Công nghiệp; không sáp nhập Sở Du lịch và Sở Văn hóa – Thể thao; không chuyển phần quản lý hạ tầng đô thị (cấp nước, thoát nước, xử lý nước thải, chiếu sáng, công viên cây xanh...) của Sở Giao thông - Công chính sang Sở Xây dựng để chuyển thành Sở Giao thông - Vận tải... Lý do chính là, do đặc thù của đô thị lớn, mỗi sở đứng đơn lẻ như trước đã phải lo một khối lượng công việc rất lớn.

Tuy nhiên, Văn phòng Chính phủ đã hai lần ra văn bản bác kiến nghị của TP.Hồ Chí Minh.