Phó Giám đốc Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch tỉnh Ninh Bình Phạm Thị Hoàn cho biết, hiện chưa có số liệu chính xác về số hang động ở khu sinh thái Tràng An. Chỉ tính riêng số hang xuyên thủy được khảo sát đã lên tới 48 hang, động, xen lẫn 31 thung gắn liền di tích lịch sử, di chỉ khảo cổ, cổ vật từ thời Ðinh, Tiền Lê mới được phát hiện như gạch xây, gạch lát, cối giã, tiền đồng, bát đĩa, hũ vại... Khu du lịch sinh thái hang động Tràng An gắn liền với khu di tích cố đô Hoa Lư. Năm 968, Ðinh Bộ Lĩnh lên ngôi hoàng đế rồi chọn Hoa Lư làm kinh đô. Khi xây dựng các tường thành, các nhà thiết kế đã khai thác triệt để lợi thế thiên nhiên bằng cách nối những dãy núi đá vôi với nhau tạo nên các tường thành vững chãi, độc đáo, không nơi nào có được.

Khu du lịch hang động Tràng An thuộc dãy núi Thành Trì Thiên Tạo của kinh đô Hoa Lư xưa. Có thể thấy chung quanh nơi đây núi bao bọc bốn phía, ẩn dưới mỗi ngọn núi là những hang động được thông với nhau bởi các thung nước, tạo cho kinh đô Hoa Lư thế phòng thủ vững chắc. Những ngọn núi cao chính là đài quan sát, là tường thành bảo vệ kinh đô Hoa Lư, cho nên còn được gọi là kinh đô Ðá. Khu hang động Tràng An còn được ví như "bảo tàng địa chất ngoài trời" bởi dãy núi đá vôi hình cánh cung giữa vùng chiêm trũng ngập nước bao bọc. Các nhà khảo cổ và địa chất khẳng định, khu hang động Tràng An - Hoa Lư xưa là một vùng biển cổ, cách đây khoảng 200 triệu năm, qua quá trình vận động địa chất mà kiến tạo nên. Dưới chân núi đá vôi, nhiều nơi có các hàm ếch, đó chính  là dấu tích của biển tiến, biển thoái. Các hang động các-tơ nổi tiếng của vùng núi đá vôi Hoa Lư - Ninh Bình và phụ cận có cách đây bốn nghìn năm đã tạo thành một vùng danh thắng "Hạ Long trên cạn" ngày nay.  Theo quy hoạch, khu du lịch sinh thái hang động Tràng An có chín tuyến du lịch đường thủy và hai tuyến du lịch đường bộ. Tuyến du lịch đường bộ có chiều dài 1,6 km, đi bộ vào đền Trần (hay còn gọi là đền Nội Lâm). Tuyến này bắt đầu  từ bến Cây Bàng. Ðây là tuyến du lịch leo núi rất thú vị bởi leo núi qua ba đèo liền nhau. Ðèo thứ nhất là đèo Cậy (vì dưới thung có nhiều cây cậy) ở độ cao 60 m so với mặt nước. Ðèo thứ hai là đèo Vài (vì dưới thung có nhiều cây vài). Ðèo thứ ba là đèo đền Trần. Hiện nay, đường leo núi này được xây các bậc đá rộng. Trên đường đến đền Trần đã dựng bảy chiếc lầu bằng gỗ lim hình bát giác làm nơi nghỉ chân khi leo núi.

Tuyến du lịch bằng đường thủy kết hợp với leo núi, bằng hình thức ngồi thuyền du ngoạn qua 13 hang và thung nước đến các điểm di tích lịch sử theo một lộ trình khép kín. Từ bến thuyền qua các hang Ðịa Linh, hang Tối, hang Sáng, hang Nấu Rượu rồi lên thuyền và leo gần 500 bậc đá vào dâng hương tại đền Trần thờ Quý Minh Ðại Vương, sau đó tiếp tục xuống thuyền đến hang Sính, hang Si, hang Ba Giọt, hang Seo, qua hang Sơn Dương và lên Phủ Khống.

Phủ Khống là nơi thờ một vị quan trấn ải kinh đô thời Ðinh. Tục truyền rằng, khi vua Ðinh Tiên Hoàng băng hà, triều đình đã làm 100 chiếc quan tài bằng đồng, trong đó một chiếc để thi hài của vua Ðinh Tiên Hoàng. Có bảy vị quan đại thần trong triều rất trung thành với vua Ðinh Tiên Hoàng đứng ra khâm liệm vua Ðinh, sau khi chôn cất xong, bèn đồng tình uống rượu độc tự vẫn mang theo điều bí mật về những chiếc quan tài. Một vị quan trấn ải thung Khống ở phía nam kinh đô nghe tin vô cùng thương tiếc bảy vị quan trung thần, nên đã lập bát hương thờ trên một tảng đá và trồng bên cạnh một cây thị. Hiện nay, bên cạnh phủ Khống vẫn còn nhánh của cây thị hàng nghìn năm tuổi. Tương truyền là cây thị đánh dấu nơi thờ bảy vị quan đại thần, cây thị này cho ra hai loại quả đan xen nhau ở các cành, một loại quả tròn có hột và một loại quả dẹt không có hột.

Từ năm 2002 đến nay, doanh nghiệp xây dựng Xuân Trường cùng với địa phương đã đầu tư hàng nghìn tỷ đồng khôi phục những di tích lịch sử đã xuống cấp và xây dựng cơ sở hạ tầng, chùa chiền đáp ứng nhu cầu du lịch tâm linh và tạo thêm phần hấp dẫn cho di tích danh thắng. Trong chiến lược phát triển du lịch Việt Nam đến năm 2020, tầm nhìn 2030 cũng xác định Hoa Lư - Tam Cốc - Bích Ðộng là một bộ phận quan trọng của di sản Cố đô Hoa Lư. Phát triển du lịch Cố đô Hoa Lư - Tràng An có ý nghĩa quan trọng không chỉ đối với du lịch Ninh Bình mà còn đối với hoạt động phát triển du lịch của Trung tâm du lịch Hà Nội và các vùng phụ cận. Hiện tại, hàng loạt dự án lớn đang được triển khai tại khu văn hóa tâm linh núi  chùa Bái Ðính khiến khu vực ngôi chùa cổ trở thành quần thể chùa lớn nhất Việt Nam có diện tích là 700 ha, với 11 kỷ lục Việt Nam được xác nhận.

Từ khi khánh thành giai đoạn đầu và đưa vào hoạt động đến nay, khu du lịch sinh thái Tràng An đã đón nhiều khách du lịch viếng thăm. Không chỉ đông khách vào những mùa cao điểm lễ hội đầu năm, hiện nay đây còn là điểm đến thu hút khách du lịch gần như quanh năm, một trung tâm du lịch trọng điểm của Ninh Bình và khu vực.