Ngày 29/6/2009, Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (NNPTNT)  Đà Nẵng cho hay, chính quyền thành phố vừa quyết định khoanh vùng bảo vệ và cấm đánh bắt hải sản, khai thác san hô khu vực biển thuộc bán đảo Sơn Trà. UBND TP Đà Nẵng cũng chỉ đạo ngành NN&PTNT xây dựng phương án bảo vệ rạn san hô và hệ sinh thái thủy sản quanh khu vực nam bán đảo Sơn Trà.

Theo đó, Sở NNPTNT Đà Nẵng tiến hành thả phao khoanh vùng bảo vệ nghiêm ngặt các khu vực có rạn san hô quý ở Hòn Sụp, Bãi Bụt, Bãi Nồm, nghiêm cấm triệt để việc khai thác trái phép san hô dưới mọi hình thức, kể cả đánh bắt hải sản. Thành lập 2 tổ bảo vệ gồm các tàu của ngư dân hoạt động khu vực gần bờ, vừa triển khai khai thác hải sản ngoài vùng cấm (chủ yếu câu mực), vừa quản lý bảo vệ, ngăn chặn kịp thời các hành vi xâm phạm hệ sinh thái khu vực được bảo vệ nghiêm ngặt...

Từ năm 2010 trở đi, ngoài việc bảo vệ nghiêm ngặt các rạn san hô sẽ triển khai việc phục hồi hệ sinh thái gần bờ, bảo đảm đa dạng sinh học và làm giàu nguồn lợi thủy sản tự nhiên, phục vụ cho việc phát triển du lịch sinh thái biển. Ngoài ra, các tổ đội chuyên trách tăng cường vận động cộng đồng tham gia bảo vệ nguồn tài nguyên quý ở khu vực này.

Theo nghiên cứu của Viện Hải dương học Nha Trang và Công ty Coral Reef Center, tiềm năng về rạn san hô ở vùng biển Đà Nẵng không hề thua kém vịnh Hạ Long và Nha Trang. Riêng vùng biển Mũi Nghê đã có 42 loài san hô với màu sắc còn sặc sỡ hơn cả khu vực Hòn Mun (Nha Trang). Vùng biển từ Hòn Chảo đến Nam Hải Vân và quanh bán đảo Sơn Trà có 191 loài san hô cứng tạo rạn thuộc 47 giống, 15 họ và 3 giống san hô mềm; 3 loài cỏ biển, 72 loài rong biển, 53 loài động vật thân mềm, 23 loài da gai kích thước lớn, 221 loài thực vật phù du...

Tuy nhiên, qua khảo sát trong phạm vi 104ha cho thấy, chỉ có gần 10% rạn san hô ở tình trạng tốt và rất tốt, có đến hơn 80% xấu và rất xấu. Đa số rạn san hô vùng này bị suy thoái, nguyên nhân do sự lắng đọng trầm tích và tình trạng khai thác vô tội vạ thời gian dài của cư dân ven biển.

Tàu thuyền đánh bắt hải sản neo đậu ở khu vực giàu san hô mà hầu như không bị ngăn cản. Khách du lịch mỗi khi đến khu vực này có điều kiện lặn chiêm ngưỡng vẻ đẹp của đáy biển lại vô tư bẻ cành san hô đưa về làm quà mà không có lực lượng nào nhắc nhở.

Các công trình xây dựng gần biển còn đổ đất đá, xả nước thải xuống tầng san hô khiến hệ sinh thái biển khu vực này ô nhiễm nặng. Theo khảo sát của Chi cục Thủy sản, ít nhất 5 ha san hô quanh bán đảo Sơn Trà, nhất là khu vực Bãi Bụt, Bãi Nam bị trầm tích gây chết. Ngoài ra, việc nuôi trồng thủy hải sản tự phát ở vùng biển gần bờ cũng tác động xấu đến các rạn san hô và hệ sinh thái liên quan khu vực gần bờ.  

Trước thực trạng đó, từ năm 2007, UBND TP Đà Nẵng đã có chủ trương khoanh vùng bảo vệ vùng biển khoảng 4.000ha từ Hòn Chảo đến Nam Hải Vân và quanh bán đảo Sơn Trà. Từ tháng 6/2009 đến nay, ngành chức năng đã thực hiện lệnh cấm biển, bảo vệ nghiêm ngặt gần 100ha thuộc khu vực Hòn Sụp, Bãi Bụt, Hục Lỡ, Vũng Đá và Đông Bãi Bắc từ bờ ra 300m ở độ sâu trung bình 12m.