Nhưng do tồn tại lâu dài trong tự nhiên và trong lịch sử, chịu nhiều tác động bất lợi của tự nhiên, chiến tranh, sự hủy hoại của môi trường và con người cho nên nhiều di sản văn hóa đá không còn giữ được tính chất, hình dáng nguyên vẹn như thuở ban đầu. Việc bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa đá phải bảo đảm tính trung thực của lịch sử hình thành các di sản văn hóa đá, không được làm sai lệch các giá trị và đặc điểm vốn có của di sản văn hoá đá, phải giữ nguyên vẹn, không làm biến đổi những yếu tố cấu thành nên di sản văn hóa đá. Bảo tồn phải gắn với phát huy những giá trị văn hóa vật thể và phi vật thể của di sản văn hóa đá; gắn với sự phát triển kinh tế - xã hội của địa phương, sự phát triển của các ngành hữu quan, nhất là Giao thông, Xây dựng, Văn hóa - Du lịch… Quy hoạch tổng thể bảo tồn và phát huy giá trị Di sản văn hóa đá Phú Yên để đảm bảo tính pháp lý và khoa học, tạo điều kiện thuận lợi cho việc quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội của các ngành và địa phương.

Phú Yên đang ngày càng hội nhập sâu vào nền kinh tế thị trường. Các hoạt động liên doanh, liên kết khu vực, trong nước và quốc tế ngày càng mở rộng, tranh thủ nắm bắt cơ hội để phát triển kinh tế. Tốc độ đô thị hóa ngày càng sâu rộng từ thành thị đến nông thôn. Thực tế này là khó tránh khỏi, do vậy cần phải tạo lập sự hài hòa giữa phát triển kinh tế, quá trình đô thị hóa với bảo vệ các di sản văn hóa đá. Theo đó, nâng cao vai trò quản lý của Nhà nước, thực hiện xã hội hóa hoạt động bảo tồn và phát huy giá trị các di sản văn hóa đá là một yêu cầu khách quan. Không ngoài mục đích huy động tối đa các nguồn lực trong và ngoài tỉnh, nâng cao nhận thức và sự tham gia đóng góp của toàn xã hội trong việc quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di tích lịch sử - văn hóa; danh lam thắng cảnh thuộc di sản văn hóa đá tự nhiên.

Trong điều kiện cho phép, các di sản văn hóa đá cần được tu bổ, tôn tạo một cách hoàn chỉnh với tư cách là một sản phẩm du lịch có giá trị, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh. Di sản văn hóa đá là nguồn tài nguyên đặc biệt, không thể tái sinh, không thể thay thế. Mục tiêu của công tác bảo tồn di sản văn hóa đá là nhằm duy trì tính xác thực và các giá trị của chúng như đã được xác định. Một yêu cầu có tính bắt buộc là phải tôn trọng và giữ gìn bằng mọi biện pháp các thành tố nguyên gốc của di sản văn hóa đá; hạn chế tối đa mọi sự thay thế bằng các chất liệu và vật liệu mới. Giải pháp ưu tiên là bảo quản, gia cố và tu bổ. Trong tu bổ, chống xuống cấp di sản văn hóa đá, phải ưu tiên vận dụng các quy trình kỹ thuật thi công truyền thống; sử dụng các chất liệu và vật liệu truyền thống phù hợp. Việc tu bổ, chống xuống cấp di sản văn hóa đá cần tuân thủ quy trình: nghiên cứu tư liệu và khảo sát hiện trạng (kể cả việc nghiên cứu thám sát và khai quật khảo cổ học) – xây dựng dự án và thiết kế kỹ thật, dự toán, thẩm định, phê duyệt – thi công dưới sự giám sát của nhà chuyên môn. Tôn tạo những di sản văn hóa đá tiêu biểu để phục vụ khách tham quan, du lịch. Phải làm nổi bật các giá trị của di sản văn hóa đá và tạo ra môi trường cảnh quan hài hòa với di sản văn hóa đó. Trong sử dụng và khai thác di sản văn hóa đá trước hết vì lợi ích của toàn xã hội. Khuyến khích việc sử dụng và phát huy giá trị di sản văn hóa đá để phục vụ nhu cầu du lịch, văn hóa, giải trí lành mạnh của nhân dân.

Bảo tồn, tôn tạo Di sản văn hóa đá Phú Yên, cần phối hợp giữa ngành chức năng với các đơn vị hữu quan theo lộ trình cụ thể; đảm bảo việc triển khai thực hiện công tác bảo tồn, tôn tạo và khai thác tốt kho tàng di sản văn hóa đá phục vụ nhu cầu hưởng thụ về đời sống tinh thần của nhân dân; góp phần phát triển kinh tế - xã hội. Theo đó cần tăng cường giới thiệu, tuyên truyền, quảng bá nhằm nâng cao nhận thức về giá trị đặc biệt của di sản văn hóa đá trong các tầng lớp nhân dân địa phương. Tiến hành các hoạt động khoa học theo một kế hoạch tổng thể, lâu dài nhằm thực hiện có hiệu quả việc bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị di sản văn hóa đá. Đây là một nhiệm vụ to lớn, khó khăn, chỉ có thể thực hiện trên cơ sở huy động được sự tham gia của các ngành, các cấp và nhân dân các địa phương. Việc nghiên cứu để thống nhất nhận thức về các đối tượng cần giữ gìn, tôn tạo, phát huy sẽ có vai trò rất lớn trong việc định hướng các hoạt động thực tiễn đối với di sản văn hóa đá. Tiến hành điều tra, khảo sát để xây dựng tổng danh mục các Di sản văn hóa đá Phú Yên. Nhiệm vụ này đòi hỏi quá trình thực hiện hết sức công phu, tỉ mỉ, khoa học, nhưng cũng hết sức lý thú, vì kết quả của hoạt động này sẽ giúp chúng ta có một cái nhìn vừa khái quát vừa xác thực về vốn di sản này.

(về số lượng, loại hình, phân bố, niên đại, các giá trị cơ bản như: giá trị lịch sử - văn hoá, giá trị về môi trường sinh thái nhân văn, giá trị tiềm năng kinh tế…), từ đó xác định được đúng đắn nhiệm vụ và kế hoạch gìn giữ, tôn tạo, phát huy giá trị di sản văn hoá đá.

Tiến hành tư liệu hóa các di sản văn hóa đá. Đây là một trong những công việc mang tính khoa học cao của hoạt động bảo tồn di sản văn hóa đá. Công việc này nhằm hình thành được một hệ thống tư liệu phục vụ nghiên cứu, tuyên truyền, giới thiệu về di sản văn hóa đá, đồng thời là những căn cứ khoa học tin cậy cho việc giữ gìn, tu bổ di sản văn hóa đá trước mắt và lâu dài. Nhiệm vụ trọng tâm của việc tư liệu hóa các di sản văn hóa đá là thông qua các hoạt động điều tra, khảo sát và nghiên cứu thực tế, kết hợp với các nguồn tài liệu khác, sẽ xây dựng cho từng đơn vị di sản văn hóa đá một bộ hồ sơ khoa học theo một biểu mẫu thống nhất, bao gồm các thành phần chính như: Báo cáo khoa học tổng quát về di sản văn hóa đá. Phiếu kiểm kê khoa học đối với từng di sản văn hóa đá vật thể thuộc về bất động sản, từng hiện vật của di sản văn hóa đá thuộc về động sản. Bản vẽ kiến trúc (đối với di sản văn hóa đá là công trình kiến trúc). Bộ ảnh chụp và bộ phim slide về di sản văn hóa đá (tổng thể và từng bộ phận, tài liệu và hiện vật…). Bản sao các tài liệu chữ viết (in dập văn bia…). Băng vidéo hoặc đĩa CD tư liệu về di sản văn hóa đá. Bản ghi chép các chuyện kể, các tài liệu khác có liên quan đến di sản văn hóa phi vật thể về đá. Xây dựng hệ thống thông tin quản lý và giới thiệu Di sản văn hóa đá Phú Yên; nhằm ứng dụng công nghệ tin học vào việc xây dựng hệ thống thông tin giúp cho việc quản lý, nghiên cứu và giới thiệu các Di sản văn hóa đá Phú Yên. Hoạt động này được tiến hành trên cơ sở kết quả của việc tư liệu hóa các di sản văn hóa đá, đồng thời cũng là bước nâng cao chất lượng quá trình tư liệu hóa di sản văn hóa đá. Xây dựng nhà trưng bày (hoặc gian trưng bày riêng trong Bảo tàng tỉnh) giới thiệu về Di sản văn hóa đá Phú Yên phục vụ khách tham quan và du lịch. Cần coi trọng các biện pháp cụ thể, thiết thực nhằm thực hiện có hiệu quả chủ trương xã hội hóa các hoạt động giữ gìn, tôn tạo và phát huy giá trị di sản văn hóa đá.

Thiết lập tua du lịch hành trình Di sản văn hóa đá Phú Yên. Kết nối các di sản văn hóa đá vật thể thuộc bất động sản là những cảnh quan đá tự nhiên, những di tích lịch sử; những danh lam thắng cảnh thành một tua du lịch khép kín mà điểm kết thúc sẽ là tham quan Bảo tàng tỉnh (có phim tư liệu và gian trưng bày hình ảnh, hiện vật di sản văn hóa đá; nghệ thuật đá cảnh, các sản phẩm đá mỹ nghệ Phú Yên). Thưởng thức chương trình biểu diễn nghệ thuật tại một địa điểm ở TP Tuy Hòa với những tác phẩm âm nhạc được viết trên cơ sở thang âm, điệu thức và âm sắc của bộ đàn đá và cặp kèn đá Tuy An. Đàn đá và kèn đá là nhạc cụ chủ công trong buổi biểu diễn nghệ thuật.

Bảo tồn và phát huy giá trị Di sản văn hóa đá Phú Yên đòi hỏi đầu tư nhiều công sức, trí tuệ và thời gian lâu dài của toàn thể xã hội. Việc nên làm sớm là kiểm kê, sưu tầm, phân loại di sản văn hóa đá trên địa bàn toàn tỉnh. Thông qua các loại hình báo chí tuyên truyền, giáo dục cho mọi tầng lớp nhân dân, nhất là thế hệ trẻ hiểu biết giá trị di sản văn hóa đá của địa phương; từ đó khơi dậy lòng tự hào, trân trọng di sản văn hóa của ông cha để lại…

Bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hóa đá không phụ thuộc hoàn toàn vào ý chí của con người, mà phụ thuộc rất lớn vào tính đặc thù của di sản. Bảo tồn và phát huy là hai mặt của một vấn đề, mối quan hệ này không tách rời nhau. Nó luôn có sự tác động qua lại để tạo nên những định chuẩn. Bảo tồn thường đòi hỏi sự giữ nguyên trạng, thiên về yếu tố tĩnh còn phát huy luôn mang yếu tố động, nếu xử lý không khoa học, không hài hòa giữa bảo tồn và phát huy, rõ ràng rất khó mang lại hiệu quả như mong muốn. Thậm chí còn đánh mất vĩnh viễn di sản văn hóa đá mà ta hiện đang có…Tùy theo đặc điểm của từng loại di sản văn hóa đá mà chúng ta đề ra giải pháp bảo tồn và phát huy thích hợp. Phát huy tốt giá trị của Di sản văn hóa đá Phú Yên chính là góp phần hữu hiệu trong việc giáo dục truyền thống và phát triển kinh tế - xã hội của địa phương.