Các hiện vật trưng bày tại đây chủ yếu làm rõ tội ác của thực dân và đế quốc; đồng thời thể hiện rõ Côn Đảo là một trận tuyến, một trường học đấu tranh cách mạng của các chiến sỹ Cộng sản và những người yêu nước Việt Nam trong suốt quá trình bị thực dân, đế quốc xâm lược.

Nhận thấy ý nghĩa sâu sắc của Bảo tàng Côn Đảo, ngay từ năm 2003, Ủy ban Nhân dân thành phố Hà Nội đã thống nhất với Ủy ban Nhân dân tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu sẽ hỗ trợ kinh phí để xây dựng tại Côn Đảo một Bảo tàng với quy mô tương đối lớn. Đây là công trình có ý nghĩa thể hiện tấm lòng của nhân dân Thủ đô đối với tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu nói chung và huyện Côn Đảo nói riêng.
 
Ngày 6/12/2009, công trình Bảo tàng Côn Đảo được khởi công xây dựng, với tổng mức đầu tư hơn 65 tỷ đồng. Nguồn kinh phí này được thành phố Hà Nội hỗ trợ 45 tỷ, còn lại là kinh phí của tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu và các nguồn vận động tài trợ khác.

Việc xây dựng Bảo tàng Côn Đảo là phù hợp với đường lối của Đảng, Nhà nước và nguyện vọng của nhân dân. Bảo tàng Côn Đảo đã nghiên cứu, sưu tầm, gìn giữ và phát huy tác dụng những di sản văn hóa bao gồm: văn hóa vật chất, văn hóa xã hội và văn hóa tinh thần trước tiên là những di vật gốc để phục vụ cho bước đường phát triển lịch sử đấu tranh dựng nước và giữ nước, cho công cuộc xây dựng Chủ nghĩa xã hội, định hướng đúng đắn cho hiện tại và tương lai.

Ngày 1/1/2009, Ủy ban Nhân dân tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu chính thức quyết định thành lập Bảo tàng Côn Đảo. Sau khi thành lập bảo tàng, công tác trưng bày được tiến hành, được xem là ngôn ngữ của Bảo tàng Côn Đảo.

Với gần 2.000 tư liệu, các hiện vật được trưng bày theo 4 chủ đề lớn gồm phản ánh các tội ác của chế độ thực dân và đế quốc; về tinh thần đấu tranh kiên cường, bất khuất của các chiến sỹ cách mạng và những người yêu nước Việt Nam trong suốt 113 năm; về sự phát triển của Côn Đảo ngày nay cũng như việc phát huy giá trị khu di tích lịch sử Côn Đảo như một di sản của dân tộc, giáo dục cho thế hệ trẻ hôm nay và mai sau truyền thống đấu tranh cách mạng của Đảng và nhân dân Việt Nam.

Phần trưng bày ngoài trời là không gian mở, diện tích rộng không có mái che, dễ bị tác động của các yếu tố khí hậu, thời tiết nên chỉ có thể trưng bày một số hiện vật hình khối lớn có giá trị lịch sử (cả tự nhiên và xã hội), kết hợp với thảm cỏ, bồn hoa, cây xanh, vừa mở rộng không gian trưng bày vừa làm đẹp cho cảnh quan xung quanh Bảo tàng. Đây cũng là không gian thư giãn của du khách nên cũng có thể giới thiệu những bộ sưu tập hiện vật về khảo cổ học tại Côn Đảo như thể hiện hố khai quật làng cổ Hòn Cau, khu mộ vò cồn Hải Đen Côn Đảo, khu mộ vò cồn Miếu Bà Côn Đảo…

Với cách bày trí hiện đại, khoa học cùng với hiện vật trưng bày phong phú, mặc dù mới chính thức mở cửa đón khách từ quý 3/2013 nhưng Bảo tàng Côn Đảo đã thu hút được 8.000 khách du lịch trong và ngoài nước vào tham quan. Riêng tháng Tư vừa qua Bảo tàng đã đón tiếp được khoảng 1.500 khách, dự kiến trong năm nay sẽ đón tiếp khoảng 15.000 khách du lịch đến với Bảo tàng.

Theo ông Lưu Văn Nhi, Giám đốc Bảo tàng Côn Đảo, trong thời gian tới Bảo tàng sẽ tiếp tục sưu tầm, hoàn thiện những tư liệu, hiện vật còn thiếu theo đề cương trưng bày Bảo tàng Côn Đảo và đồng thời tiếp thu những ý kiến đóng góp của các cựu tù chính trị để hoàn hiện hơn khâu trưng bày các hiện vật cho phù hợp với thực tế lịch sử.

 
Ngoài ra, Bảo tàng sẽ hoàn thiện khâu trưng bày cho không gian bên ngoài nhà bảo tàng, mong rằng trong thời gian tới khi khách du lịch đến thăm quan bảo tàng có những cái nhìn hấp dẫn hơn về Bảo tàng.

Trong quyết định số 264/2005/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt “Đề án phát triển kinh tế-xã hội huyện Côn Đảo, tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu đến năm 2020” có nội dung xuyên suốt là xây dựng Côn Đảo thành khu kinh tế-du lịch và dịch vụ chất lượng cao, gắn với việc bảo tồn, tôn tạo khu di tích cách mạng đặc biệt của quốc gia; phát triển, nâng cao giá trị Vườn Quốc gia Côn Đảo.
 
Vì vậy, Bảo tàng Côn Đảo là một địa chỉ “đỏ” gắn liền với việc bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị khu di tích cách mạng đặc biệt của quốc gia và đây cũng là địa điểm không thể thiếu trong chuyến tham quan, du lịch về nguồn tại Côn Đảo./.