Bảo tàng Yersin được thành lập năm 1997, nằm trong khuôn viên Viện Pasteur Nha Trang (số 10 Trần Phú), có diện tích khoảng 100m2 nhưng hiện vật, tư liệu trưng bày khá đa dạng. Đến đây, du khách được tận mắt nhìn thấy những vật dụng cổ xưa, những trang thiết bị phục vụ cho quá trình nghiên cứu khoa học của nhà bác học Yersin: đồng hồ Leroy cổ, sách báo, ăng-ten thu phát tín hiệu morse, máy tính, quả địa cầu, kính thiên văn và các dụng cụ thí nghiệm độc đáo khác. Đặc biệt, bảo tàng còn lưu giữ được chiếc kính hiển vi mà bác sĩ Yersin đã tìm ra được vi trùng dịch hạch, chiếc máy ảnh ông dùng trong những chuyến đi thám hiểm cao nguyên Lang Biang (Lâm Đồng) và các vùng phụ cận. Các hiện vật trưng bày cho thấy, Yersin là người đam mê nhiều lĩnh vực khoa học từ thiên văn, địa lý đến y học…

Đến Bảo tàng Yersin, khách còn được xem mô hình căn nhà bác sĩ Yersin ở Xóm Cồn Nha Trang (nay là nhà khách T378 của Bộ Công an). Chính trong ngôi nhà này, người bác sĩ khả kính đã cứu sống biết bao người qua những lần treo tín hiệu báo bão, khám chữa bệnh miễn phí cho dân nghèo. Chính giữa bảo tàng là mô hình căn phòng ngày xưa ông đã sống với chiếc giường, tủ sách, tủ gương đựng quần áo, ghế mây..., một cuộc sống khiêm tốn và giản dị. Những lá thư thấm đẫm ân tình mà ông gửi cho mẹ, chị gái cũng được trưng bày cho thấy những tình cảm của ông với đất và người Nha Trang - Khánh Hòa.

Sinh thời, Yersin là người rất đam mê thám hiểm và nghệ thuật nhiếp ảnh. Ông đã để lại hàng trăm tấm ảnh có giá trị liên quan đến phong cảnh, văn hóa của Khánh Hòa, Lâm Đồng và các tỉnh lân cận. Khách đến bảo tàng có nhu cầu lưu giữ lại kỷ niệm có thể mua tem, móc khóa bằng mica có in hình Yersin, bưu ảnh có in hình các tấm hình Yersin từng chụp với giá chỉ 5.000 đồng/tấm. Ngoài những ảnh đã được trưng bày giới thiệu, hiện nay, Viện Pasteur Nha Trang còn lưu giữ khoảng 150 bức ảnh khác, trong đó có 70 bức ảnh được triển lãm lần đầu tiên ở TP. Hồ Chí Minh vào tháng 3/2018.

Tuy có nhiều hiện vật giá trị nhưng do ít được quảng bá nên Bảo tàng Yersin chưa được nhiều du khách biết đến. Trước đây, một số doanh nghiệp có triển khai tour du lịch theo chân bác sĩ Yersin nhưng do thiếu quảng bá, nhân viên thuyết minh ít nên không thu hút được khách. Khách đến tham quan bảo tàng chủ yếu đến từ các nước châu Âu, châu Úc, Mỹ./.