Về lưu trú, toàn tỉnh có 38 cơ sở lưu trú, trong đó có 4 khách sạn 2 sao, 5 khách sạn 1 sao, 11 cơ sở đạt tiêu chuẩn, 10 nhà nghỉ, nhà khách hoạt động theo loại hình nhà nghỉ du lịch. Tổng số phòng lưu trú du lịch 876 phòng với 1.505 giường, tăng trên 84 phòng với 91 giường so với năm 2007. Trong đó có trên 500 phòng xếp hạng sao đạt tiêu chuẩn đón khách quốc tế. Về hoạt động lữ hành, có 3 đơn vị, tuy nhiên mới hoạt động ở  quy mô nhỏ, hiệu quả chưa cao. Hoạt động xúc tiến, quảng bá du lịch được đẩy mạnh.

Hoạt động du lịch ở Phú Yên 6 tháng đầu năm 2008 nhìn chung có nhiều khởi sắc, các dự án đầu tư du lịch đang được triển khai. Dự kiến đến năm 2011 sẽ có nhiều khách sạn 3-4 sao đi vào hoạt động, như khách sạn Sài Gòn- Phú Yên, khách sạn Thuận Thảo, Khu du lịch sinh thái Sao Việt, khu du lịch Bãi Tràm, Khu nghỉ mát Long Hải, khu Resort Gành Đá Đĩa... với khoảng 1.500 phòng trong đó có 800 phòng đạt tiêu chuẩn từ 3-4 sao.