Khách sẽ không quên cảm giác len lỏi quanh các lối đi dẫn lên các chùa, am, tháp… rợp xanh bóng cây tùng, đặc biệt là tại Đường Tùng. Theo Ban Quản lý Di tích và Rừng Quốc gia Yên Tử, tại đây có 242 cây tùng trên 700 tuổi, đến nay vẫn sừng sững giữa trời mây Yên Tử. Một loại cây khác cũng khiến Yên Tử thêm đặc biệt là trúc, được trồng thành Đường Trúc dẫn đến chùa Hoa Yên và ven nhiều lối đi. Tương truyền Phật Hoàng Trần Nhân Tông chọn tùng và trúc đem về trồng ở Yên Tử với ý nghĩa tượng trưng cho khí khái, phẩm chất của người quân tử; sức sống dẻo dai, thanh bạch và tao nhã của người tu hành. Khách hành hương đến đây đặc biệt ấn tượng với rễ cây tùng mọc trồi hẳn lên mặt đất, ôm lấy những bậc đá dẫn lên đỉnh non xanh, tạo cảm giác như đang nâng bước người lễ Phật. Và nhiều người cũng ý thức nhắc nhau đi cẩn thận, không giẫm lên rễ cây, bởi mỗi năm hàng chục ngàn người đến Yên Tử, mỗi người chạm nhẹ cũng đủ kinh động cổ thụ trăm năm.

Yên Tử mùa Xuân còn đặc biệt bởi mai vàng nở trên vách núi, xen kẽ với những tán rừng xanh thẫm. Hoa mai Yên Tử nở từng chùm, có màu thơm nhẹ, thân cây thường mọc ra từ vách đá, khe suối, cao từ 15-17 mét, đa số đều là những lão mai trên 100 tuổi. Nhiều người nói rằng, mai vàng Yên Tử cũng do Phật hoàng Trần Nhân Tông ươm trồng.

Ngoài ra Yên Tử còn có những ngọn thác hoang sơ tuyệt đẹp: Thác Vàng từ núi Bạch Hổ và Thác Bạc từ núi Thanh Long cùng có dòng chảy ánh kim xuôi về phía Nam, bao quanh thung lũng Giải Oan, được ví như đường tụ thủy lưu giữ khí thiêng. Còn Thác Ngự Dội là nơi Vua Trần Nhân Tông thường ra tắm gội, sau đó tọa thiền tại Am Thiền Định cạnh bên./.