Theo báo cáo, từ năm 1969 đến nay, khu vực Vườn Chuối đã có chín cuộc khai quật khảo cổ. Hiện tại khu vực Vườn Chuối gồm ba gò: Vườn Chuối, Dền Rắn, Mỏ Phượng nằm trong Dự án khu đô thị mới Kim Chung - Di Trạch; một phần phía tây gò Vườn Chuối năm trong phạm vi mở đường vành đai 3,5. Việc xây dựng thời gian qua đã làm ảnh hưởng đến di chỉ nên Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch đã cho phép khai quật một phần di chỉ từ tháng 4 đến tháng 10/2019.

Sau khi khai quật, các nhà khoa học đã đề xuất ba phương án bảo tồn. Trong đó, có giải pháp bảo tồn 6.000 m2 nửa phía đông di chỉ, khoanh vùng bảo vệ và xây dựng hồ sơ xếp hạng; khai quật nghiên cứu 6.000 m2 nửa phía tây và khu gò Dền Rắn, Mỏ Phượng, sau đó tiếp tục xây dựng. Tiếp đó, ngày 11/11/2019, Viện Khảo cổ học có văn bản số 370/TTr-KCH, kiến nghị Hà Nội bảo tồn di chỉ theo phương án kể trên.

Sở Văn hoá và Thể thao thống nhất với nội dung đề nghị của Viện Khảo cổ học tại văn bản số 370/TTr-KCH; Sở Văn hóa và Thể thao sẽ phối hợp Viện Khảo cổ học có văn bản gửi UBND huyện Hoài Đức về việc đưa 6.000 m2 phía đông di chỉ vào khu vực bảo vệ, làm cơ sở triển khai các công việc tiếp theo; tiếp tục khai quật phần còn lại để nghiên cứu.

Sở Văn hoá và Thể thao cũng đề nghị UBND TP. Hà Nội chỉ đạo chủ đầu tư các dự án tại khu vực Vườn Chuối có biện pháp bảo vệ di chỉ; chỉ đạo UBND huyện Hoài Đức phân công các đơn vị thường xuyên bảo vệ , ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi đào trộm cổ vật. Trường hợp thấy có khả năng có di tích hoặc di vật , cổ vật, chủ dự án phải tạm ngừng thi công và thông báo kịp thời cho UBND huyện Hoài Đức, Ban Quản lý đi tích danh thắng Hà Nội để có biện pháp xử lý kịp thời.