Không giống những đảo nhỏ thông thường ven bờ, Hòn Yến không có nhiều cây xanh, vì phần lớn diện tích đảo là đá. Điều thú vị là kết cấu đá của Hòn Yến rất giống với kết cấu của gành Đá Đĩa, với những mạch đá dựng đứng thành cột, xiên ngang, bề mặt vuông, lục giác sắc cạnh... Cạnh Hòn Yến là Hòn Sụn có màu huyết dụ, tựa như vụn vỡ của những lớp đá bazan không kém phần đặc sắc. 

Với nhiều người dân địa phương, Hòn Yến được ví như cánh buồm lớn che chở cho làng chài, là mũi mác vươn lên trời cao, một nét thanh độc đáo của đá, nước và sự hòa quyện của tạo hóa.../.