Chùa Vĩnh Nghiêm tọa lạc tại nơi có thế “đầu gối sơn, chân đạp thủy”, tựa lưng vào núi Cô Tiên, trước mặt là ngã ba nơi giao hòa của sông Thương và sông Lục Nam. Bao quanh chùa là thôn làng bình yên và những cánh đồng trải dài tít tắp.

Với vai trò là chốn tổ của thiền phái Trúc Lâm, chùa Vĩnh Nghiêm được xây dựng với các khối kiến trúc chính gồm Cổng tam quan, Toà tiền đường, Thiêu hương, Thượng điện, Nhà tổ đệ nhất, Gác chuông, Nhà tổ đệ nhị, Hai dãy hành lang đông tây, Khu vườn tháp.

Giá trị lớn nhất về kiến trúc của chùa Vĩnh Nghiêm chính là ở cảnh quan không gian với vị trí phong thủy khá đẹp và ở sự kết nối liên hoàn các hạng mục công trình, tạo ra một mặt bằng dạng chùa trăm gian nguy nga, khẳng định vai trò một trung tâm Phật giáo thuộc Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.

Ngoài những nét kiến trúc độc đáo, chùa Vĩnh Nghiêm còn lưu giữ hơn 3000 mộc bản  khắc chữ Hán và Nôm gồm các bộ kinh sách đạo Phật, sự nghiệp của các vị cao tăng và nhiều sách hướng dẫn chữa bệnh bằng các bài thuốc dân gian… Những bản mộc bản này được lưu giữ cẩn thận, chữ rất sắc nét, có giá trị nghệ thuật vô giá. Năm 2012, mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm đã được UNESCO công nhận là Di sản tư liệu khu vực châu Á – Thái Bình Dương thuộc chương trình Ký ức thế giới.

Ngày 9/9/2013, Bộ VHTTDL đã công nhận Lễ hội chùa Vĩnh Nghiêm là di sản văn hóa phi vật thể quốc gia. Ngày 23/12/2015, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định công nhận chùa Vĩnh Nghiêm là Di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật quốc gia đặc biệt.

Khánh Trang