Chùa có 4 mái nhà độc lập, hiện còn giữ 1 quả chuông nặng khoảng 1 tạ hơn trăm năm tuổi. Trước cổng chùa có pho tượng Quan thế âm Bồ Tát uy nghiêm được đặt giữa hồ với kiến trúc phật giáo miền Bắc, phía trước là sân khấu nổi, ở giữa đặt tượng Quan Âm và phía sau là thủy đình tạo nên một cảnh sắc tuyệt mỹ và uy nghiêm. Ở giữa chùa là Tam bảo thờ Phật, bên phải là đình thờ Thành Hoàng làng và đền thờ Đức Thánh Trần, bên trái là phủ thờ Mẫu Liễu Hạnh.
Chùa có nhiều ngày lễ như Lễ Thượng nguyên (trung tuần thánh giêng) cầu cho quốc thái dân an, vào hè (trung tuần tháng tư), ra hè (trung tuần tháng Bảy), Lễ Tất niên. Trong những năm gần đây, chùa đã tổ chức nhiều sự kiện trọng đại như Đại lễ Phật Đản, lễ dâng hương tưởng niệm các vua Hùng.
Tham quan, vãn cảnh chùa Phổ Linh, du khách sẽ được hòa mình vào cảnh trời mây, non nước đẹp đến nao lòng; để rồi mọi muộn phiền của cuộc sống dường như tan biến nhường chỗ cho sự thanh thản, bình an, từ đó hướng con người đến chân - thiện - mỹ.