Một trong số khu du lịch nổi tiếng của tỉnh thì Vân Long là vùng đất ngập nước thuộc xã Gia Vân (Gia Viễn) mang đầy huyền thoại với diện tích hàng nghìn ha; một vùng du lịch sinh thái tuyệt đẹp và là khu bảo tồn thiên nhiên ngập nước lớn nhất đồng bằng Bắc bộ. Vân Long có 457 loài thực vật bậc cao, có 8 loài ghi trong sách đỏ Việt Nam (kiêng, lát hoa, tuế lá rộng, sắng, bách bộ...); có 39 loài động vật, trong đó có 12 loài quý hiếm (voọc quần đùi trắng, gấu ngựa, sơn dương...) và có loài côn trùng quý hiếm (cà cuống) được ghi trong sách đỏ Việt Nam. Vân Long có 32 hang động đẹp: Hang cá, hang rùa, hang Chanh... với mỗi hang có một nét độc đáo riêng... Kể từ khi khu bảo tồn được quy hoạch, đưa vào quản lý và khai thác, du khách thập phương đã về đây. Chỉ tính 2 tháng đầu năm 2008, đã có 7.702 lượt khách đến khu bảo tồn, tăng 3,5% so với cùng kỳ năm trước; trong đó: khách quốc tế là 7.139 lượt người, khách nội địa 563 lượt người. Điều đó cho thấy khách du lịch đến Vân Long chủ yếu là người nước ngoài (đông nhất là Hàn Quốc, Anh, Pháp, Hà Lan) và đó là loại hình du lịch ưa thích của họ. Họ đến đây để được chiêm ngưỡng núi non, sông ngòi, động thực vật trên cạn, dưới nước còn “nguyên sơ”, hoang sơ.

Huyện miền núi Nho Quan có Vườn Quốc gia Cúc Phương với diện tích 22.200 ha. Đây là Vườn Quốc gia đầu tiên và cũng là nơi bảo tồn thiên nhiên đầu tiên của Việt Nam. Với lợi thế về cảnh quan, sự đa dạng sinh học; các giá trị về văn hoá, lịch sử... Cúc Phương đã trở thành điểm du lịch sinh thái hấp dẫn. Đến Cúc Phương vào mùa hè như lọt vào “cõi tiên”, không khí trong lành, mát mẻ, dễ chịu... Du khách có thể thăm động Người Xưa, leo núi thăm cây Chò nghìn năm, hoặc đến hang Con... Cúc Phương có hệ sinh thái đa dạng, phong phú với nhiều loại động thực vật quý hiếm. Cùng với các trung tâm cứu hộ các loài linh trưởng, vườn thực vật, nhà nghỉ, công trình vui chơi giải trí, công trình nghiên cứu khoa học... đã thu hút một lượng lớn du khách đến đây. Trong 2 tháng đầu năm 2008, Vườn Quốc gia Cúc Phương đã đón 20.700 lượt khách, tăng 31,3% so với cùng kỳ năm trước, trong đó du khách quốc tế 4.000 lượt người, khách nội địa 16.700 lượt người.

Nằm trong quần thể Khu du lịch Tam Cốc - Bích Động, từ lâu Tam Cốc đã được ví như “Vịnh Hạ Long trên cạn”. Du thuyền trên sông Ngô Đồng qua 3 hang (Tam Cốc) xuyên thuỷ mới thấy hết sức sáng tạo vô cùng của thiên nhiên. Ba hang nối tiếp nhau, mỗi hang đều mở ra những cảm xúc lạ lùng. Ba hang (Tam Cốc) là những tác phẩm tạp hình kỳ ảo với hàng trăm, hàng nghìn nhũ đá rủ từ trần hang xuống. Rời khỏi hang thứ nhất dài 127m, du khách sẽ khám phá sự kỳ diệu của hang thứ hai, thứ ba, rồi chậm rãi quay ra. Đi thuyền trên sông Ngô Đồng, du khách còn được ngắm cảnh làng quê, đồng lúa hai bên sông khi lúa chín trông như những thảm lúa vàng óng, ngắm nhìn dải núi sừng sững bao bọc hai bên. Tam Cốc đã được du khách biết đến từ lâu và cũng đã được đầu tư nâng cấp về cơ sở hạ tầng. Du khách đến Tam Cốc ngày càng tăng. Trong 2 tháng đầu năm nay, lượng khách đến Khu du lịch này đạt 51.125 lượt người, tăng 34,6% so với cùng kỳ năm trước, trong đó: khách quốc tế đạt 24.823 lượt người, tăng 31,5% và khách nội địa đạt 26.302 lượt người, tăng 37,6% so với cùng kỳ năm trước.

Ngoài các khu, điểm du lịch trên đã và đang được khai thác thu hút đông đảo khách thập phương thì còn có Khu du lịch hồ Đồng Chương với hồ nước trong xanh, đồi thông thơ mộng... quang cảnh có thể ví như ở thành phố Đà Lạt; hay khu nước suối nóng Kênh Gà với làng chài nổi trên sông, có nước khoáng mặn chứa nhiều loại muối; nhiệt độ luôn ổn định ở 53^oC... đang được du khách chú ý tới, nhất là vào ngày lễ, Tết, ngày nghỉ...

Đặc biệt, trong các năm gần đây, Chính phủ đã cho xây dựng cơ sở hạ tầng cho quần thể Khu du lịch Tràng An. Quần thể Khu du lịch này gồm nhiều khu khác nhau: Khu trung tâm, khu đón tiếp, Khu du lịch tâm linh và Khu du lịch hang động là một điểm nhấn trong quần thể Khu du lịch Tràng An mà đặc trưng của nó là du lịch sinh thái: tham quan rừng, núi, sông nước; hang động, thung lũng. Tràng An có khoảng 50 hang động, trong số gần 100 hang động có nước được nối với nhau khoảng 30 thung. Quần thể Khu du lịch Tràng An nói chung và Khu du lịch hang động nói riêng đang được đơn vị thi công tập trung nhân vật lực, khẩn trương hoàn thành một số hạng mục công trình để kịp khánh thành giai đoạn 1, đón khách tới thăm vào Tuần Du lịch Ninh Bình được tổ chức từ ngày 08/4 đến 14/4. Sau khi hoàn tất các hạng mục công trình của quần thể khu du lịch nói chung và khu hang động nói riêng sẽ là điểm du lịch sinh thái đầy hấp dẫn và quyến rũ khách thập phương.

Bên cạnh đó, mới đây Công ty cổ phần Đầu tư PV-Inconess cũng đã chính thức khởi công dự án sân golf 54 lỗ hồ Yên Thắng và Khu du lịch sinh thái hồ Đồng Thái. Dự án với nhiều hạng mục, công trình khác nhau sẽ là sự kết hợp của các loại hình du lịch: du lịch thể thao, nghỉ dưỡng, vui chơi giải trí, tham quan thắng cảnh đồi, rừng, hồ, núi... Riêng Khu du lịch sinh thái hồ Đồng Thái có diện tích 2.185 ha, với 380 ha mặt nước hồ, kết hợp với dãy nũi Tam Điệp hùng vĩ tạo nên một phong cảnh thiên nhiên sơn thủy hữu tình. Dự án sẽ được chia làm nhiều giai đoạn và giai đoạn đầu hoàn thành vào cuối năm 2008 (khai trương sân golf 18 lỗ). Khi dự án hoàn thành thì nơi đây lại là một khu du lịch lý tướng, với nhiều loại hình du lịch khác nhau, trong đó du lịch sinh thái vẫn chiếm vị trí quan trọng.

Tất cả các khu, điểm du lịch trên đã minh chứng cho sự đa dạng, phong phú của các loại hình du lịch trên địa bàn tỉnh... nhưng du lịch sinh thái vẫn là loại hình nổi trội. Đó cũng là loại hình du lịch đang được khách trong và ngoài nước ưa chuộng. Bởi lẽ, trong thời kỳ hội nhập với nền kinh tế thị trường thì con người đang muốn xích lại gần thiên nhiên hơn, hiểu rõ vai trò, tác dụng của nó và gìn giữ và bảo vệ nó. Mọi điểm du lịch còn nguyên sơ, tự nhiên... đều có sức hấp dẫn đến kỳ lạ du khách không chỉ để tham quan, chiêm ngưỡng mà còn để nghiên cứu khoa học, giữ gìn và bảo tồn động, thực vật cho muôn đời sau.